明朝嘉靖年间（16世纪中叶），阿勒坦汗征服了瓦刺部，完成了鞑靼部的统一，成了蒙古各部的首领。阿勒坦汗的孙子巴汗那吉率部向明朝投降，阿勒坦汗只好同明朝讲和。明朝封阿勒坦汗为顺义王。阿勒坦汗厌倦了东征西讨的戎马生涯，便把征战精神转到了佛事上，于是对喇嘛教愈加虔诚。在这之前，他从西藏邀请了两位得道喇嘛，在近百名各级喇嘛的陪同下来到蒙古，让他们在蒙古各部大力传播喇嘛教。并于明隆庆四年（公元1570年）在今呼和浩特市修建喇嘛庙。从此以后，在整个蒙古游牧地区逐步形成了修建召庙和迎接活佛的风气。

清顺治元年（1644年），清王朝的建立，曾称雄一时的蒙古各部是其扩张政治势力的重大障碍之一。清政府为了变阻力为助力，便将蒙古人普遍崇奉的喇嘛教顺势加以大力提倡。清兵进蒙古草原后的第一件要事就是修建喇嘛寺庙。清政府的这种行动，使蒙古与清政府这两大政治势力之间的尖锐矛盾得到了缓冲。不久，蒙古喇嘛教的首领哲布尊丹巴呼图克图率喀尔喀七旗的济农、台吉及其部属，归顺了清政府。康熙皇帝给哲布尊丹巴以特别的礼遇，加封为“敷教安众大喇嘛”，赐宝石、绸缎、金银等。同时，让章嘉呼图克图掌握内蒙古的黄教教权，并赐与“振兴黄教大慈大国师”印。藏传佛教在蒙古地区能够得以广泛传播，除了藏传佛教自身的发展趋势外，还在于清政府把藏传佛教作为统治蒙古民族的重要政策。在蒙古族人民中推行藏传佛教，取得了事半功倍的效果。

清政府对蒙古地区推行盟旗制度、建筑寺庙同时并进。蒙古王公们也努力于修建寺庙。那时候，建筑寺庙成了一种风气，甚至互相比赛，看谁建的庙多，看谁建的庙宏伟。这标志着信徒对藏传佛教的虔诚，并与希望超脱“轮回”的痛苦直接联系在一起。加之清朝皇帝实行优待喇嘛与奖励喇嘛的政策，喇嘛不当兵、不纳税，因而饱受封建压迫与剥削的蒙古族人民都千方百计地去当喇嘛，使喇嘛的数字基本上达到了蒙古族男子总数的一半以上。

此后，渐渐形成了：有两个儿子的蒙古人，必须有一个儿子去当喇嘛；有三个儿子的蒙古人，必须有两个儿子去当喇嘛；甚至只有一个儿子的蒙古人，也让儿子去当喇嘛的风气。

清政府在优待喇嘛的同时，却在藏传佛教的一些关键性问题上严格控制。如制定了呼图克图转生的掣签制。呼图克图如果在西藏转生，掣签事宜则由清政府派往西藏的办事大臣主持；呼图克图如果在北京转生，掣签事宜则在清廷的示意与监视下，让驻京的章嘉出面办理。根据清政府的意图而掣签“转生”的教首呼图克图，当然无法摆脱清廷的控制和操纵。因而在处理政、教重大问题时，也就不会逆着清廷的意思去办理。

清廷制定了喇嘛朝贡制度，把喇嘛分为西藏喇嘛、西番喇嘛、游牧喇嘛和驻京喇嘛四部分，通过达赖、班禅、哲布尊丹巴、章嘉等分别统治各部喇嘛。并将各部在京的掌教喇嘛和从北京派往各部办理事务的喇嘛，每经3年，全部更换一次，以防止这些掌权喇嘛进行背叛清朝皇帝的活动。并对上级喇嘛采取拉拢的办法，封他们为“国师”、“禅师”之类的尊号，有的还赐给“扎萨克印”，授给管理僧众的权力，给他们官职，发给他们“俸银”，使他们忠实于清廷。此后还专设了喇嘛印务处，规定喇嘛度牒制，对喇嘛进行调查统计，发布喇嘛禁令，限制下级喇嘛的活动。

民国元年（1912年）以后，袁世凯为了巩固政权，防止内蒙古跟闹独立运动的外蒙古联合，便对蒙古上层和内蒙古的藏传佛教给予优惠政策。他以中华民国大总统的名义，发布优待蒙古王公及喇嘛教的条例。内蒙古的教主第十九世章嘉呼图克图，被迎到北京，封为大国师，加了“弘济光明昭因禅化”的名号，还破格授给一颗88两重的金印。把内蒙古各寺庙有名号的喇嘛都登记起来，封了240余名呼图克图，把原来的旧印收回，换成新印。把喇嘛职位分为“官缺”和“非官缺”两类。官缺喇嘛由袁世凯直接任命，非官缺喇嘛由所在旗扎萨克任命。还对有50间房屋以上的大喇嘛召庙，赐给大总统印鉴的匾额。伊克昭盟的一些召庙，就是这个时期由袁世凯赐名的。如扎萨克旗的扎萨克召，于民国2年由袁世凯赐名为纳忍尼给古勒圪齐庙。该旗旗庙于民国2年由袁世凯赐名为胡纪齐古勒尔古勒圪齐庙等。呼毕勒罕的掣签制由蒙藏院在雍和宫的金本巴瓶中抽定。按清代旧制，让有名号的呼图克图喇嘛每年按班次进京奉经。规定蒙古王公及官职喇嘛的进京旅费由民国政府发给。还规定了各级喇嘛的口粮，均由袁世凯政府定出标准，按月拨给。

1927年，蒋介石在南京成立国民政府后，内蒙古的藏传佛教教首章嘉呼图克图派遣使者，到南京去觐见蒋介石。蒋介石承袭了袁世凯的对蒙政策，于1930年发布《蒙古盟、部、旗组织法》。该法规定：蒙古各盟、部、旗之管辖治理权依旧；内蒙古藏传佛教教首章嘉活佛被安排为蒙藏委员会委员。还在北京设立了“喇嘛事务所”，专门掌管寺庙喇嘛的度牒、印信、册籍、封叙、钱粮费用和外遣调补等事宜。1931年，国民党政府公布蒙古喇嘛寺庙监督条例，其中特别强调：寺庙之首席喇嘛为主持喇嘛，以其现有之职衔主持该寺庙；蒙古各旗之喇嘛寺庙主持者，由所辖盟、旗官署任命之，并呈报蒙藏委员会；蒙古各旗外之喇嘛寺庙者，由蒙藏委员会任命之；有50以上之喇嘛寺庙，设管理委员会，辅佐主持事务；各寺庙主持者办理事务；各寺庙主持者制定喇嘛名簿，关于喇嘛之还俗、圆寂、转生等，需明确登记，呈报监督官署；寺庙之一切财产用具详细记明其增减，呈报监督机关，且不经许可不得动用。1932年，国民党政府对章嘉呼图克图发出指令：“章嘉呼图克图宣扬黄教，翌堪共和，声望夙孚，屡膺殊锡……忠诚奋励，振导宗风，询堪喜尚，兹加‘净觉辅教’四字名号，以示优异。”

藏传佛教在伊克昭盟的传播，就是在上述的政治气候中逐步发展起来的。王爱召作为内蒙古西部地区及伊克昭盟的发展基地，分为两路向伊克昭盟纵深腹地延伸。东路发展为准格尔召，西路发展为杭锦旗的石拉召。王爱召是明万历三十五年（1607年）开始由博硕克图济农主持建筑的。到明万历四十一年（1613年）基本建成。次年，由迈达尔呼图克图为伊克昭盟的第一座三世佛庙伊克召主持开光仪式。明天启三年（1623年），鄂尔多斯左翼首领明盖岱青和敦若布洪台吉在今伊克昭盟乌力吉图山主持建筑今准格尔召。当时名字叫密宝寺。后清廷赐名为宝堂寺。次年，博硕克图济农的三子图瓦洪台吉赴西藏，为其父向拉萨的三大寺庙的所有僧众布施，并朝觐了达赖喇嘛。将博硕克图济农授为岱宗洪台吉称号。明天启六年（1626年）五月，图瓦洪台吉请回博硕克图济农生前许愿的银汁书写的《丹珠尔》经。七月，请来迈达尔诺门汗开光。

清末民初，伊克昭盟共有召庙319座，有各级喇嘛12780名；1949年时，仍有召庙231座，有各级喇嘛12948名；到1966年时，保存召庙204座，喇嘛1916名。到1989年，全盟仍有召庙21座。其中宗教活动点18座，有喇嘛573名。